Tỉnh Đắk Lắk mới sẽ có 101 đơn vị hành chính trực thuộc. Trong số 101 đơn vị hành chính trực thuộc, có 67 đơn vị ở tỉnh Đắk Lắk hiện nay và 34 đơn vị từ tỉnh Phú Yên. UBND tỉnh Đắk Lắk mới sẽ gồm 13 cơ quan chuyên môn gồm: Sở Nội vụ, Sở Tư pháp, Sở Tài chính, Sở Công Thương, Sở Nông nghiệp và Môi trường, Sở Xây dựng, Sở Khoa học và Công nghệ, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Sở Giáo dục và Đào tạo, Sở Y tế, Sở Dân tộc và Tôn giáo, Thanh tra tỉnh và Văn phòng UBND tỉnh.
Hai cơ quan tương đương sở gồm: Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh và Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh. Có 8 đơn vị sự nghiệp công lập gồm: Trường Đại học Phú Yên, Trường Cao đẳng Đắk Lắk, Trường Cao đẳng Y tế Đắk Lắk, Trường Cao đẳng Văn hóa Nghệ thuật Đắk Lắk, Ban Quản lý Đầu tư xây dựng công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Đắk Lắk, Ban Quản lý Đầu tư xây dựng công trình giao thông, nông nghiệp và phát triển nông thôn Đắk Lắk, Ban Quản lý Khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao Phú Yên và Trung tâm Phát triển Quỹ đất tỉnh Đắk Lắk. Riêng các trường cao đẳng, tỉnh đang tính phương án đưa về Trường Đại học Tây Nguyên quản lý.
Việc hợp nhất này nhằm mục tiêu nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước, tối ưu hóa nguồn lực và tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển kinh tế - xã hội. Hai tỉnh đã có nhiều điểm tương đồng về văn hóa, lịch sử và tiềm năng phát triển, do đó, việc kết hợp sẽ giúp tăng cường sự liên kết và phát triển bền vững.
Đắk Lắk và Phú Yên đều sở hữu nhiều lợi thế tự nhiên và văn hóa. Đắk Lắk nổi tiếng với cà phê và du lịch sinh thái, trong khi Phú Yên thu hút du khách với những bãi biển đẹp và di sản văn hóa phong phú. Việc hợp nhất sẽ tạo điều kiện thuận lợi hơn cho việc phát triển du lịch, nông nghiệp và công nghiệp chế biến.